O Programa de Pós-Graduação em Biologia e Biotecnologia de Microrganismos tem nível mestrado (aprovado pela CAPES em 2007) e nível Doutorado (aprovado pela CAPES em 2012) com nota 4.
Justifica-se pela grande demanda de pesquisas em microbiologia, sendo extremamente importante a busca de métodos para estudo, avaliação da diversidade e da potencialidade dos microrganismos e também de formas de utilização destes dados nas aplicações biotecnológicas.
Além disso, tem forte inserção na região, com ocorrência de importantes ecossistemas ainda preservados, como áreas de Mata Atlântica, Marítimas, Cabrucas e Manguezais.
